Existen numerosas herramientas para editar, copiar, pegar y ordenar archivos pdf. Por ahora, la mas sencilla de manejar, a mi gusto, es pdf-shuffler. Se trata de una aplicación de python, que permite unir o dividir documentos. Permite girar páginas, recortarlas y ordenarlas, con una interfaz de usuario intuitiva e interactiva.

Manipulando un pdf en una sola ventana
Combinando dos pdf en dos ventanas

La instalación  es sencilla:

sudo add-apt-repository ppa:pdfshuffler/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install pdfshuffler
 

O bien con el archivo .deb en su página principal